Les membres du Conseil d'administration sont issus des trois collectivités actionnaires : la Collectivité Eau du Bassin Rennais, Rennes Métropole et la Ville de Rennes.

Des "censeurs" représentants de la société civile ainsi que des représentants du personnel (délégués du Comité d'Entreprise) font également partie du Conseil d'administration de la SPL Eau du Bassin Rennais.